内设机构:

办公室(信访办)、组织人事科、规划发展与信息化科、财务审计科、政策法规与宣传科、体制改革科、疾病预防控制科(卫生应急办公室)、医政医管和药政科、基层卫生健康科、科技教育科、综合监督科、老龄健康科、妇幼健康科、职业健康科、人口监测和家庭发展科、爱国卫生指导科(血吸虫病地方病防治科)、中医药科(中医药管理局)、保健科(市委干部保健委员会办公室)、机关党组织、审批服务科。

下属单位:

市卫生健康综合监督执法局、市卫生健康促进中心、市卫生学校、市疾病预防控制中心、市中心血站、南昌急救中心、市新华医院、市第一医院、省中西医结合医院、市第三医院(江西乳腺专科医院、市妇幼保健院)、市洪都中医院、市第九医院、省皮肤病专科医院(省皮肤病研究所)、省精神病院。代管市计划生育协会。