南昌市政协机关内设1办9委共10个正县级机构，即办公室、提案委员会、经济委员会、农业和农村委员会、人口资源环境城乡建设委员会、教科卫体委员会、社会和法制委员会、民族和宗教委员会、港澳台侨和外事委员会、文化文史和学习委员会。其中，办公室下设秘书科、调研科、人事科、委员联络科、老干部科5个职能科室，各专委会下设1个办公室。机关党委，负责机关和下属单位的党群工作。

2021年1月，经市委编委同意，设立南昌市政协委员履职服务中心，为市政协办公室下属公益一类事业单位，正科级，核定全额拨款事业编制8名，科级领导职数1正1副。